पाणी हा वाळवंटातील वस्तीवर परिणाम करणारा अत्यंत महत्त्वाचा घटक आहे. पाण्याच्या प्रमाणावर मनुष्यवस्ती अवलंबून असते. विहिरी किंवा झऱ्यांच्या स्वरूपात मिळणारे भूमिगत पाणी, आर्टेशियन विहिरी व झऱ्यांपासून तसेच नद्या अथवा वाड्यांतून मिळणारे पाणी, अशा तीन प्रकारे वाळवंटात पाणी मिळू शकते.